Les inventaires piscicoles servent à avoir une information exhaustive de la population présente au sein d'un milieu. C'est en procédant à une pêche électrique dans les cours d'eau que l'on réalise ces inventaires.
Le but est d'avoir une connaissance des espèces présentes, et de voir leur évolution dans la durée. Cela permet d'avoir des données sur le fonctionnement des cours d'eau.

Grâce à ces inventaires piscicoles, la fédération peut ainsi mettre en place des plans de gestion adaptés.

Une cinquantaine de pêches électriques sont réalisées chaque année dans le département par la fédération.